Implementation of a classification server to support metadata organization for long term preservation systems

In this paper we describe the implementation of a classification server that helps in metadata organization for a long term reservation system of digital objects. After a short introduction to classifications and knowledge organization, the requirements of the system to be implemented are summarized. Some Simple Knowledge Organization System (SKOS) management tools we have evaluated are briefly presented. These include Skosmos, the solution we have selected for implementation. Skosmos is an open source, web-based SKOS browser based on the Jena Fuseki SPARQL server. We present the main steps of the installation of the applied tools and some potential problems with the classifications used, as well as possible solutions

Sustainable Software Development: code4research

Mit dem Schritt ins digitale Zeitalter werden in Forschungsprozessen zunehmend Daten in digitaler Form verarbeitet, die mit Hilfe von Software erzeugt, analysiert und dargestellt werden. Das Angebot an kommerziellen Lösungen stößt bei den Anforderungen aus der Forschung an ihre Grenzen und so wird immer öfters im Rahmen eines Forschungsprojekts Software entwickelt. In vielen Fällen sollen die entwickelten Programme nach Projektende weiter betrieben werden, da sie als Grundlage für weitere Forschung dienen bzw. werden die Ergebnisse in alternativer Form publiziert. Damit werden viele Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler vor neue Herausforderungen gestellt, die mit ihrer eigentlichen Aufgabe, dem Forschen, nur am Rande etwas zu tun haben. Softwareentwicklung ist nur eine von vielen weiteren Herausforderungen, die mit der zunehmenden Digitalisierung einhergehen. Dieser Artikel fokussiert sich auf den Entwicklungsprozess von Software unter Berücksichtigung der Nachhaltigkeit und den Aspekt der Archivierung. Er stellt unter anderem auch die Frage, ob und wie die Forschung von zentraler Stelle unterstützt werden kann und welche Rolle das Forschungsdatenmanagement dabei einnimmt.With the step into the digital age, research processes increasingly process data in digital form, which are generated, analyzed and presented with the help of software. The range of commercial solutions is reaching its limits when it comes to research requirements, and software is increasingly being developed as part of a research project. In many cases, the developed programs will continue to run after the project ends as they serve as a basis for further research or the results will be published in an alternative form. This poses new challenges for many scientists, who have little to do with their actual task, research. Software development is just one of many other challenges that come with increasing digitization. This article focuses on the development process of software taking into account sustainability and the aspect of archiving. Among other things, it raises the question of whether and how research can be supported centrally and what role research data management plays in this

Nachhaltige Softwareentwicklung: code4research

With the step into the digital age, research processes increasingly process data in digital form, which are generated, analyzed and presented with the help of software. The range of commercial solutions is reaching its limits when it comes to research requirements, and software is increasingly being developed as part of a research project. In many cases, the developed programs will continue to run after the project ends as they serve as a basis for further research or the results will be published in an alternative form. This poses new challenges for many scientists, who have little to do with their actual task, research. Software development is just one of many other challenges that come with increasing digitization. This article focuses on the development process of software taking into account sustainability and the aspect of archiving. Among other things, it raises the question of whether and how research can be supported centrally and what role research data management plays in this

Nachhaltige Softwareentwicklung: code4research

Mit dem Schritt ins digitale Zeitalter werden in Forschungsprozessen zunehmend Daten in digitaler Form verarbeitet, die mit Hilfe von Software erzeugt, analysiert und dargestellt werden. Das Angebot an kommerziellen Lösungen stößt bei den Anforderungen aus der Forschung an ihre Grenzen und so wird immer öfters im Rahmen eines Forschungsprojekts Software entwickelt. In vielen Fällen sollen die entwickelten Programme nach Projektende weiter betrieben werden, da sie als Grundlage für weitere Forschung dienen bzw. werden die Ergebnisse in alternativer Form publiziert. Damit werden viele Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler vor neue Herausforderungen gestellt, die mit ihrer eigentlichen Aufgabe, dem Forschen, nur am Rande etwas zu tun haben. Softwareentwicklung ist nur eine von vielen weiteren Herausforderungen, die mit der zunehmenden Digitalisierung einhergehen. Dieser Artikel fokussiert sich auf den Entwicklungsprozess von Software unter Berücksichtigung der Nachhaltigkeit und den Aspekt der Archivierung. Er stellt unter anderem auch die Frage, ob und wie die Forschung von zentraler Stelle unterstützt werden kann und welche Rolle das Forschungsdatenmanagement dabei einnimmt

Nachhaltige Softwareentwicklung: code4research

With the step into the digital age, research processes increasingly process data in digital form, which are generated, analyzed and presented with the help of software. The range of commercial solutions is reaching its limits when it comes to research requirements, and software is increasingly being developed as part of a research project. In many cases, the developed programs will continue to run after the project ends as they serve as a basis for further research or the results will be published in an alternative form. This poses new challenges for many scientists, who have little to do with their actual task, research. Software development is just one of many other challenges that come with increasing digitization. This article focuses on the development process of software taking into account sustainability and the aspect of archiving. Among other things, it raises the question of whether and how research can be supported centrally and what role research data management plays in this

Engaging researchers with research data

Slides of presentation at the Libraries for Research Data IG

E-Infrastructures Austria: Eine Referenzarchitektur zur dauerhaften Bereitstellung von Daten aus der Forschung als Aufgabe für wissenschaftliche Bibliotheken

Im Jänner 2014 wurde das nationale dreijährige HRSM-Projekt e-Infrastructures Austria initiiert. Gesamtziel ist der koordinierte Aufbau und die Weiterentwicklung von Repositorieninfrastrukturen für Forschung und Lehre in ganz Österreich sowie ein effizientes und nachhaltiges Forschungsdatenmanagement an allen teilnehmenden 20 Universitäten und fünf weiteren außeruniversitären Forschungseinrichtungen. Das Projekt gliedert sich in drei Teilprojekte, die thematisch ineinander übergreifen und/oder aufeinander aufbauen. Die Koordination erfolgt durch die Universität Wien. Bis Ende 2016 sollen drei Ziele realisiert werden: – Teilprojekt A (Ziel 1): Aufbau von Dokumentenservern auf lokaler Ebene an den Partneruniversitäten. Zweck: Aufstellung von institutionellen Repositorien an allen teilnehmenden Einrichtungen (alle österreichischen Universitäten mit Ausnahme der Medizinischen Universität Innsbruck) – Teilprojekt B (Ziel 2): Erarbeitung eines strategischen Konzepts für das zukünftige Forschungsdatenmanagement in Österreich – Teilprojekt C (Ziel 3): Aufbau einer Wissensinfrastruktur („knowledge infrastructure“) für alle 25 Projektpartner. In der jetzigen Phase des Projekts e-Infrastructures Austria erfolgt eine Fokussierung auf den Aufbau von Repositorien, darunter die Kategorie der sogenannten Dokumentenserver (unter denen sich bislang die unterschiedlichen institutional repositories österr. Einrichtungen aufzählen lassen). Nun verhält es sich jedoch so, dass für bestimmte Daten weitere Lösungen gefragt sind. Diese Lösungen können auch Formen jenseits der Repositorienlandschaft annehmen. Hierbei könnte man von „Informationsinfrastrukturen“ (e-Infrastructures) sprechen

Differential dynamics of membrane proteins in yeast

Lateral diffusion of lipids and proteins in yeast plasma membranes has been reported to be anomalously slow, and implicated as a possible reason for polarization in yeast. In order to gain insight into the observed slow diffusion in yeast membranes, we explored lateral diffusion of two proteins of different origin. We compared lateral dynamics of the Candida drug resistance protein-1 (Cdr1p), and the human serotonin1A receptor (5-HT1AR) by fluorescence recovery after photobleaching (FRAP). Our results show that while Cdr1p-GFP displays slow diffusion, the diffusion of 5-HT1AR-EYFP is significantly faster. Interestingly, upon ergosterol depletion, the mobility of Cdr1p-GFP did not exhibit appreciable change, while 5-HT1AR-EYFP mobility showed an increase. On the other hand, upon actin cytoskeleton destabilization, the mobile fraction of 5-HT1AR-EYFP showed considerable increase, while the mobility of Cdr1p-GFP was not altered. Our results represent the first report on the dynamics of the important drug resistance protein Cdr1p and provide novel insight on diffusion of membrane proteins in yeast membranes

DBRepo: a Semantic Digital Repository for Relational Databases

Data curation is a complex, multi-faceted task. While dedicated data stewards are starting to take care of these activities in close collaboration with researchers for many types of (usually file-based) data in many institutions, this is rarely yet the case for data held in relational databases. Beyond large-scale infrastructures hosting e.g. climate or genome data, researchers usually have to create, build and maintain their database, care about security patches, and feed data into it in order to use it in their research. Data curation, if at all, usually happens after a project is finished, when data may be exported for digital preservation into file repository systems. We present DBRepo, a semantic digital repository for relational databases in a private cloud setting designed to (1) host research data stored in relational databases right from the beginning of a research project, (2) provide separation of concerns, allowing the researchers to focus on the domain aspects of the data and their work while bringing in experts to handle classic data management tasks, (3) improve findability, accessibility and reusability by offering semantic mapping of metadata attributes, and (4) focus on reproducibility in dynamically evolving data by supporting versioning and precise identification/cite-ability for arbitrary subsets of data.&nbsp